Živočíchy hornej Oravy, ktorých najpodstatnejšiu časť tvoria bezstavovce, sú rozmanité a druhove veľmi pestré. Nachádzame tu živočíchy polí a lúk, mokradí, slatín aj rašelinísk, ihličnatých aj listnatých lesov, vysokohorské druhy, ale nezriedka aj teplomilné živočíchy, ktoré majú stepný charakter. Voľne žijúce živočíchy hornej Oravy sú súčasťou eurosibírskej podoblasti palearktickej zóny a podľa zoogeografického členenia fauny Slovenska prináležia do vonkajšieho obvodu Západných Karpát (Beskydský okrsok západný). Fauna je tu rozmanitá, druhovo pestrá a bohatá. Z hľadiska výškovej zonácie prevládajú podhorské (submontánne) druhy, menej zastúpené sú horské (montánne) druhy a v najnižších polohách v Oravskej kotline a pri Oravskej priehrade sa objavujú aj teplomilnejšie južné prvky ako napríklad križiak pásavý, kúdelnička lužná či vlha.
Druhová skladba fauny hornej Oravy je výsledkom dlhodobých vývojových procesov, súvisiacich s vývojom zemského povrchu, so zmenami klimatických podmienok, s aktívnym a pasívnym sťahovaním živočíchov. Súčasný stav živočíšstva značne pozmenila aj intenzívna hospodárska činnosť, prípadne aj iné rôznorodé, v prevažnej miere negatívne ľudské zásahy do prírody. Niektoré druhy živočíchov z tejto oblasti človek úplne vyhubil. Prvým v novoveku vyhubeným cicavcom bol tur divý. O jeho výskyte na Orave síce nemáme hmatateľné dôkazy, ale jeho prítomnosť tu možno predpokladať, nakoľko sa udáva v neďalekých Turanoch. Podobne bol vyhubený zubor hôrny. Na výskyt zubra na hornej Orave poukazuje i názov obce Zubrohlava. Tretím z radu vyhubených stavovcov na území Oravy je los mokraďový. Poznatky o výskyte týchto zvierat na Orave môžeme zhrnúť v opise Dr. Jozefa Martinka, ktorý píše, že:“ naši slovanskí predkovia na dolnej Visle, ale aj na Považí, na Orave a Pohroní poznali divého tura, zubra a bežne lovili aj losy“. Neradostný osud zastihol na Orave aj bobra vodného. Ani ostatné druhy živočíchov neboli na Orave v stredoveku uchránené pred vášňami človeka a koristníckym využívaním prírody. Nekonečné hodovania panských dvorov si vyžiadali obrovské množstvá ulovenej zveriny. Napríklad na svadobných hostinách troch dcér palatína Juraja Thurzu v rokoch 1603-1614 sa skonzumovalo spolu 585 zajacov, 1726 jarabíc a jariabkov, 80 srncov, 2500 pstruhov a jeleňov „koľko pán boh dal“. Historik Zolnay vtipne poznamenal, že našťastie sa rad palatínových dcér skončil skôr, ako by vykántrili zver Oravy a Považia. Spolumajitelia komposesorátnych lesov chodili loviť na Oravu medvede a hlucháne. Nepriaznivý vplyv na zver malo i pytliactvo. Na hornej Orave chytali do osobitne zhotovených želiez aj medvede. Takýto železný klepec, ako historický doklad spôsobu lovu živočíchov sa zachoval v Mútnom. Koncom 19-teho storočia vyhynul ďalší z pôvodných obyvateľov Slovenska, norok európsky. Predpokladá sa, že posledné norky európske na našom území mohli byť ulovené práve na Orave. Predposledný exemplár pochádzal z okolia Slanice a je veľmi pravdepodobné, že posledného norka európskeho na Slovensku ulovili v okolí Zákamenného.
Poľnohospodárstvo a urbanizácia vytvárali podmienky pre rozvoj agrobiocenóz a antropcenóz. Tieto živočíšne spoločenstvá postupne vytláčali pôvodné druhy. Premenou lesov na polia a lúky našli na hornej Orave vhodné existenčné podmienky druhy pochádzajúce z juhovýchodných a východných stepí ako jarabica poľná, škovránok poľný, zajac poľný, hraboš poľný. Premenou pôvodných jedľobučín na smrekové monokultúry sa rozšírili a premnožili viaceré živočíchy podhorských a horských smrečín ako mníška obyčajná, lykožrút smrekový, čížik, krivonos či sýkorka chochlatá. Zväčšovaním areálu rozšírenia sa na hornú Oravu dostali prirodzenou cestou nové faunistické prvky ako hrdlička záhradná, kanárik obyčajný, červenák karmínový, ryšavka tmavopása.
Kvantitatívne i druhovo najpočetnejšiu skupinu živočíchov hornej Oravy predstavujú bezstavovce. Na poliach, lúkach, pasienkoch, slatinách, rašeliniskách aj v lesoch hornej Oravy nachádzajú početné zastúpenie bežné aj vzácnejšie druhy. Najpozoruhodnejšia a najzaujímavejšia je fauna rašelinísk, kde prežíva mnoho reliktných druhov. Z hľadiska štúdia zoogeografie patrí fauna pavúkov týchto biotopov k najvďačnejším študijným objektom. Na Slovensku, Oravu z toho nevynímajúc, sa venovala tejto významnej skupine ešte donedávna len veľmi malá pozornosť. Pre rašeliniská vrchoviskového typu sú zvlášť typické pavúky z čeľade strehúňovitých a lovčíkovitých, ktoré sa rýchle pohybujú a pobehujú po ich povrchu. Z viacerých druhov týchto dvoch čeľadí hojne tu nachádzame najmä strehúňa vlhkomilného, strehúňa močiarneho, strehúňa chladnomilného a lovčíka pobrežného. Z čeľade križiakovitých je pre oravské rašelinné bory typický križiak rašelinný, ktorého nenájdeme nikde inde mimo rašelinísk. Tento vzácny križiak sa vyskytuje výhradne na rašelinisku Rudné alebo Sosnina pri Suchej Hore s roztrúsenou kosodrevinou. Na miestach bez kosodreviny, napríklad na Klinskom rašelinisku a na niektorých ďalších, prechádza križiak rašelinný na porasty rojovníka močiarneho. V podmienkach hornej Oravy z pravých tyrfobiontov je na rašeliniská vrchoviskového typu viazaných iba niekoľko málo druhov Plachtárka vrchovisková, žijúca v machu lesných rašelinísk a iných silne zamokrených biotopov, patrí medzi veľmi vzácne holarktické druhy. Popri dvoch hornooravských rašeliniskách (Klinské rašelinisko, Slaná voda) bola zistená lem na 2 lokalitách. Podobne strehúň rašelinný bol zatiaľ zistený len na rašelinisku Rudné pri Suchej Hore a na dvoch rašeliniskách v oblasti Vysokých Tatier. K veľmi vzácnym holarktickým druhom, ktoré sú svojim výskytom viazané na biotopy rašelinísk vrchoviskového typu, nesporne patrí skaliarka močiarna, ktorá je doteraz na Slovensku známa len z rašeliniska Rudné pri Suchej Hore.
Niekoľko zaujímavých druhov pavúkov žije však aj vo vyšších horských polohách Oravských Beskýd, najmä na Babej hore a Pilsku. Medzi najpozoruhodnejšie patrí myrmekofilný pavúčik mravčí, žijúci na svahoch Babej hory, kde žije v spoločenstve s mravcom Neomyrma rubida. Z územia Slovenska je tento vzácny pavúk doteraz známy len na 4 lokalitách.
Fauna mäkkýšov je na rozdiel od pavúkov druhove veľmi chudobná. Všeobecne známy je slimák záhradný, ktorý žije v záhradách a krovinách. V lesoch žije slimák škvrnitý a vertiga lesná. Tento druh patrí k najmenším suchozemským slimákom. Z ďalších lesných druhov boli nájdené bliktra, slizniak lesný, slizniak žltý, slizovec hnedý a ďalšie . V potokoch a na brehoch malých vodných plôch žije vodniak malý. Tento druh je medzihostiteľom nebezpečného cudzopasníka, motolice pečeňovej. K najmenším lastúrnikom patria hrachovky, z ktorých sa na vlhkých lúkach a okrajoch vôd vyskytuje kochlikopa lesklá, jantárovka malá a jantárovka veľká. V náplave Oravskej priehrady bolo zistených 69 druhov mäkkýšov, z toho 55 ulitníkov a 14 lastúrnikov. Zo vzácnych a ohrozených druhov sa zistili Acicula parcelineata, Cochlicopa nitens, Euconulus alderi, Anodonta anantina, Pisidium amnicum, Valvata cristata. Z karpatských endemitov boli na Klinskom rašelinisku zistené druhy Perforatella vicina a Trichia villosula.
Najbohatšou triedou živočíšnej ríše je hmyz (Insecta). Larvy niektorých skupín hmyzu žijú a vyvíjajú sa vo vode. Patria medzi ne podenky, pošvatky , potočníky a vážky. Larvy týchto skupín hmyzu vytvárajú na dne potokov, riek i močiarov špecifické spoločenstvá nazývané bentos. Tieto živočíchy majú nezastupiteľné miesto v potravinovom reťazci a sú významnými bioindikátormi kvality životného prostredia. Z podeniek sa vyskytuje podenka skorá, podenka potočná, podenka bystrinná, potočníky zastupuje potočník vrchovský. Voda je životným prostredím aj pakomárov a iných dvojkrídlovcov. Z nich sa vyskytuje v Bielej Orave Paratrichotopus niger, Paratrichotopus rufiventris, Synorthocladius semivirens, Tvetenia calvescens, Polypedilum convictum.
Medzi najelegantnejších zástupcov hmyzu v okolí vodných plôch a na rašeliniskách hornej Oravy patria vážky. Vážky sú dravé, živia sa lovom iného hmyzu . Vyznačujú sa impozantným a dokonalým letom vo vzduchu. Ako jediný zástupcovia hmyzu majú totiž lietacie svaly upnuté priamo na korene krídel. Preto môžu vážky pohybovať jednotlivými krídlami nezávisle, súčasne i striedavo. K vzácnym druhom patria vážky rašelinísk hornej Oravy. Dovedna tu bolo zistených 32 druhov. K najvzácnejším patria vážky rodu Leucorrhinia, najmä druh Leucorrhinia rubicunda. Zistenie tejto vážky na Klinskom rašelinisku je prvým doloženým výskytom druhu na Slovensku. Jej príbuzná, Leucorrhinia pectoralis je prioritným, európsky významným druhom. Vyskytuje sa opäť na Klinskom rašelinisku a na rašelinisku Rudné pri Suchej Hore. K vzácnym nálezom nesporne patrí ligotavka horská. Tento druh bol na Slovensku viac ako 50 rokov nezvestným. Posledný údaj o výskyte ligotavky horskej na území Slovenska pochádza z Vysokých Tatier. Na hornej Orave bola zistená na rašelinisku Spálený grúnik a Tisovnica. K ďalším vzácnym druhom patrí šidlo rašelinné, ktoré sa vyskytuje na Klinskom rašelinisku a na rašelinisku Rudné. Šidlo sitinné žije na Tisovnici, Klinskom rašelinisku a rašelinisku Puchmajerovej jazierka.
Tyrfofilné druhy vážok, vyskytujúce sa na slatinných typoch biotopov hornej Oravy, bývajú druhove bohatšie. Typickým a bežným zástupcom je vážka tmavá.
Medzi bežné druhy hornej Oravy patrí šidielko modré, vážka štvorškvrnná, vážka červená , šidlo modré. Indikátorom čistoty tečúcich vôd sú hadovky.
Hospodársky významné sú blanokrídlovce, ktorých zástupcovia žijú v zložitých a dokonalých spoločenstvách (osy, včely, čmele). K nápadným patria čmele, z ktorých sa na hornej Orave vyskytujú čmele zemné, čmele hájové, čmele záhradné, skalné a hôrne. Rod čmela je zastúpený druhom čmela chlpatá. Na rašeliniskách sa vyskytujú vzácne druhy dvojkrídlovcov, ako Prionocera turcica, Tipula morginella, Tipula affinis a Pilaria meridiana.
Veľký hospodársky význam majú chrobáky. Z nich významnú úlohu pri udržiavaní biologickej rovnováhy v ríši hmyzu majú mäsožravé druhy. Početné sú bystrušky kožovité, bystrušky fialové, bystruška medená, behúnik lesklý, utekáčik obyčajný a svižníky poľné. Hygienickú a sanitárnu funkciu v prírode plnia hrobáriky obyčajné a hrobáriky čierne, ktoré sa živia požieraním odumretých živočíchov. Z koprofágov , vyhľadavajúcich ako zdroj potravy exkremetny živočíchov je bežný lajniak obyčajný a hnojník obyčajný. Vzácny boreoalpínsky lajniak Onthophagus joannae obýva vhodné biotopy horských a podhorských lesov hornej Oravy. Bežným subalpínskym a alpínskym druhom, žijúcim vo výkaloch dobytka a v truse vysokej zveri na podhorských a horských lúkach je lajniačik alpský.
V horských pralesovitých formáciach hornej Oravy žije pozoruhodný chrobák, fúzač Cornumutila quadrivittata, patriaci medzi vzácne reliktné druhy s veľmi sporadickým rozšírením, známy z Babej hory. Veľmi vzácnym druhom s boreálnym rozšírením je aj Palaeocollidium coriaceum, žijúci v starých lesných porastoch montánneho vegetačného stupňa Babej hory a Pilska. Na Babdej hore V horských a podhorských lesoch hornej Oravy je bežne rozšírený aj vrzúnik pralesový. Z listorohých chrobákov je najpozoruhodnejší výskyt vzácnejšej variety lajniaka hladkého (Geotrupes vernalis var. autumnalis). Aj drobčíky sú na hornej Orave zastúpené niekoľkými pozoruhodnými druhmi. V Oravských Beskydách, na Babej hore a Pilsku žije veľmi vzácny horský druh drobčíka, Atrecus longiceps, ktorý sa na území našej republiky vyskytuje veľmi torzovite. Horský druh Philonthus montivagus vystupuje až do subalpínskeho vegetačného stupňa Oravských Beskýd. Vzácny horský druh Philonthus coerulescens, ktorého typickým biotopom sú štrkovité a kamenisté brehy horských potokov, je známy len z Oravských Beskýd a z okolia Oravského Podzámku. Veľmi vzácny horský muscikolný a humikolný drobčík Quedius scribae žije v Oravských Beskydách.
Vzácne a z ekologického hľadiska veľmi pozoruhodné druhy chrobákov žijú aj na rašeliniskách hornej Oravy, kde tvoria veľmi dôležitú súčasť biocenózy týchto biotopov. Pomerne bohaté sú tu najmä tyrfofilné formy v zastúpení viacerých čeľadí. Osobitnú pozornosť si zasluhujú niektoré druhy bystrušiek. Na hornooravských rašeliniskách sa hjojne vyskytujú najmä behúniky Bembidion humerale, Bembidion nigricorme, utekáčiky Pterostichus nigrita, Pterostichus minor. Takmer všetky tieto druhy na týchto biotopoch prevažne žijú v porastoch rašeliníkov a pod voľne ležiacimi kameňmi. V porastoch rašeliníkov na Hladovských boroch, rašeliniskách Rudné a Sosnina žije tiež utekáčik štíhly. Horský behúnik Trechus amplicollis zostupuje častokrát aj do nižších polôh, ako je tomu aj na rašelinisku Rudné pri Suchej Hore. Zo vzácnejších druhov mimo rašelinísk hornej Oravy na piesčitých a piesčito-bahnitých brehoch Oravy sa vyskytujú ešte niektoré ďalšie vzácnejšie druhy bystrušiek, ako Elaphrus ullrichi, Dyschirius lucidus obenbergeri a Ontholestes haroldi. Výskyt bežca Ontholestes haroldi na hornej Orave súčasne predstavuje jeho najsevernejšiu výskytovú lokalitu na Slovensku.
Medzi zaujímavé a vzácne druhy hornooravských rašelinísk patria aj niektoré drobčíky a nosáčiky. Drobčíky (Staphylinidae) sú tu predovšetkým zastúpené boreálnym druhom Olophrum rotundicolle, z ďalších druhov je to najmä drobčík Gymnusa brevicollis a niekoľkí zástupcovia rodov Lathrobium, Stenus a Omalium. Vo vlhkých rašeliníkoch na rašelinisku Rudné okrem toho žije aj muscikolný drobčík Quedius fulvicollis. Nosáčiky sú tu zastúpené niekoľkými fytofágnymi druhmi. Medzi ne menovite patria Limnobaris T-album, Micrelus ericae a dva boreoalpínske druhy, nosániky Otiorhynchus morio a Otiorhynchus dubius.
Škodcami v lesnom hospodárstve je podkôrny hmyz, u ktorého sme v poslednom období svedkami početných gradácií (premnoženia). Larvy tohto hmyzu sa vyvíjajú pod kôrou alebo v dreve stromov. Medzi najvýznamnejších škodcov patrí lykožrút smrekový, lykožrút lesklý, lykokaz matný, lykokaz smrekový a drevokaz čiarkovaný.
Na hornej Orave sa vyskytujú aj veľmi významné a vzácne druhy motýľov. Svojou bionómiou sú viazané na biotopy hornooravských rašelinísk. Medzi tieto tzv. tyrfobionty, ktoré sú priamo viazané na takéto typy stanovíšť, patrí hlavne žltáčik čučoriedkový, Arichanna melanaria a boreoalpínska mora Anarta cordigera. Žltáčik čučoriedkový sa vyskytuje na Klinskom rašelinisku a rašelinisku Rudné pri Suchej Hore, kde jeho húsenice žijú na čučoriedke barinnej. Vzácny druh Arichanna melanaria, ktorej húsenice žijú na rovnakej živnej rastline, je zatiaľ z územia Slovenska známa iba z rašeliniska Rudné pri Suchej Hore. Taktiež len odtiaľto doteraz poznáme aj moru Anarta cordigera. Medzi živné rastliny tejto mory patrí čučoriedka barinná a kľukva močiarna. Z okolia Suchej Hory je známy rúrkovček Coleophora ledi, ktorého výskyt je úzko viazaný na rojovník močiarny. Na túto živnú rastlinu je viazaný aj ďalší druh Olethreustes lediana, bežne sa vyskytujúci na hornooravských rašeliniskách. Aj eurosibírsky druh, trávovec Crambus alienellus, bol doteraz na území Slovenska nájdený len na rašelinisku Rudné pri Suchej Hore. Z ďalších tu známych motýľov poznáme trávovček Elachista albidella, žijúci na niektorých druhoch ostríc, páperníkov a škripín. Na vrese obyčajnom žijú húsenice piadivky vresovej a mory Anarta myrtilli, vyskytujúcej sa iba pri Suchej Hore. Veľmi vzácne druhy našich motýľov žijú aj v najsevernejšie položených horských oblastiach Oravy, tak z Babej hory je známy výskyt drobníka ľubovníkového, kde jeho húsenice žijú na ľubovníku bodkovanom .
Pestré a pre milovníkov prírody atraktívne sú aj ďalšie spoločenstvá motýľov hornej Oravy. Pozornosť pútajú predovšetkým pestro sfarbené bábôčky, žltáčiky, očkáne ale aj menšie hnedáčiky, modráčiky, ostrôžkáre a súmračníky. Bežne sa vyskytuje bábôčka pávooká, bábôčka osiková, bábôčka admirálska, žltáčik rašeltliakový, žltáčik ranostajový a žltáčik žeruchový. Na lesných čistinách a rúbaňach možno pozorovať nádherného dúhovca väčšieho, okáň hruškový. K zaujímavým patria lišaje, najmä lišaj topoľový, lišaj vŕbkový, lišaj marinkový. V lesnom hospodárstve škodia požieraním ihlíc stromov húsenice mníšky obyčajnej, obaľovača smrekového a obaľovača jedľového. Jedným z najnápadnejších a najväčších denných motýľov je vidlochovost feniklový. Dospelé jedince tohto motýľa možno pozorovať v júli a v auguste.
Charakteristickou a z hľadiska druhovej pestrosti významnou zložkou prírodného prostredia hornej Oravy sú ryby. Spoločenstvo rýb Oravskej priehrady sa v prvých rokoch existencie nádrže formovalo najmä vplyvom niektorých skupín rýb z pôvodných, zatopených tokov. V neskoršom období ovplyvňovali štruktúru a početnosť rýb priehrady zarybňovacie plány, športový i hospodársky rybolov a prevádzkovanie vodnej nádrže.
Intenzívnym zarybňovaním vzniklo v nádrži pestré spoločenstvo limnofilných a reofilných druhov. Z vysadených rýb sa uplatnili najmä šťuka, zubáč, kapor, pleskáč. V súčasnosti bolo v Oravskej priehrade zistených 38 druhov 9-tich čeľadí. K najvýznamnejším a najpočetnejším rybám priehrady patrí kapor, šťuka, zubáč, pleskáč, plotica, červenica, belica, ostriež, boleň, hrebenačka obyčajná. Vzácnejší je lieň, sumec, úhor, pstruh dúhový a pstruh potočný (jazerná forma), hlavátka podunajská, nosáľ. V prítokoch Oravskej priehrady, v Bielej Orave, Polhoranke, Jelešnej, Mútňanke, Veselovianke, Rabčickom potoku sú v spoločenstve rýb zastúpené pstruhy potočné, lipne timiánové, jalce obyčajné a jalce hlavaté, hlaváče obyčajné a pásoplutvé, belice, podustvy a nosále. Vzácne sú mreny. K pozoruhodným a vzácnym v toku Jelešňa, Poľanový kriváň a Mútňanka patrí mihula ukrajinská.
Na vodné prostredie, najmä v období rozmnožovania sú viazané obojživelníky. Z mlokov je bežný mlok horský a mlok karpatský, ktorý je endemitom Karpát. To znamená, že okrem Karpát sa nevyskytuje nikde inde na svete. Samce tohto mloka v období párenia sú typické nitkovitým príveskom na konci chvosta. Tento mlok je pomerne častý v lesných kalužiach a mokradiach. Pomerne vzácny je mlok obyčajný a mlok veľký, ktorý bol zistený pri Zubrohlave a na Klinskom rašelinisku. V lesných porastoch je rozšírená salamandra škvrnitá. Zo žiab je najpočetnejším zástupcom na Hornej Orave skokan hnedý. Skokany krátkonohé žijú vo vodách močiarov, kaluží, rašelinísk a v pobrežných okrajových častiach Oravskej priehrady. Vodné prostredie obývajú na rozdiel od predchádzajúceho druhu celoročne. K početne rozšíreným na hornej Orave patria aj ropuchy. Ropucha obyčajná preferuje poľnohospodársku krajinu. Napriek tomu, že sa vyhýba súvislým lesným komplexom boli jedince tohto druhu nájdené až v kosodrevine na Babej hore v nadmorskej výške 1400 m n.m. Jej príbuzná ropucha zelená často osídľuje aj intravilány obcí a zimuje v pivniciach, rúrach či iných vhodných úkrytoch v mestách a dedinách hornej Oravy. Najmenšou žabou je kunka žltobruchá, ktorá je nápadná svojim vytrvalým a prenikavým hlasom. Väčšiu časť roka žije vo vodnom prostredí. Na životné podmienky nie je náročná, nájdeme ju aj v malých kalužiach, priekopách alebo v koľajách po kolesách áut a traktorov. Kunka žltobruchá patrí medzi európsky významné druhy. Zaujímavý je spôsob pasívnej obrany tohto druhu. V prípade nebezpečenstva žabky prevrátia na chrbát a nepriateľa vystrašia svojím žlto sfarbených bruchom. Kunky vylučujú kožou jedovaté látky. K menej nápadným živočíchom hornej Oravy patria plazy. Z plazov sa početne vyskytuje jašterica obyčajná a na vlhkejších miestach a v lesoch je hojná jej menšia príbuzná jašterica živorodá. Ako už z názvu vyplýva táto jašterica rodí živé mláďatá (ovoviviparia). Na lesných čistinách a rúbaniskách sa vyskytuje slepúch lámavý, ktorý sa vzhľadom podobá a mylne považuje za hada. Hady hornej Oravy reprezentuje vretenica severná, ktorá sa tu vyskytuje aj v čiernej forme (moprha prester). Táto čierna forma vretenice je rozšírená na vlhkejších miestach. Dnes je tento užitočný had ohrozený prenasledovaním a zabíjaním človekom z dôvodu predsudkov o nebezpečenstve jeho uhryznutia. Zaujímavosťou z ríše hadov je výskyt užovky obyčajnej, jedince ktorej boli pozorované pomerne vysoko v okolí Oravskej lesnej a na Puchmajerovej jazierkach pod Kubínskou hoľou.
Hádam najpestrejšiou a najnápadnejšiou skupinou stavovcov hornej Oravy sú vtáčie spoločenstvá. Na hornej Orave bolo zistených dovedna 250 druhov vtákov. Pestré je najmä vtáctvo Oravskej priehrady. Vybudovaním Oravskej priehrady vytvorili sa tu vhodné podmienky pre výskyt vodného a pri vode žijúceho vtáctva. Priehrada leží totiž na významnej migračnej ceste vtáctva , tiahnúceho Západnými Karpatami z Poľska cez Oravu na juh a opačne. Rozsiahla vodná plocha a široké bahnité brehy nádrže pri nízkych hladinách lákajú sťahovavé vodné druhy vtákov, ktoré tu nachádzajú podmienky na odpočinok a regeneráciu síl i dostatok potravy.
V porovnaní s výskytom vodných vtákov v Oravskej kotline v minulosti zvýšila sa diverzita avifauny vybudovaním priehrady o 30% Na Oravskej priehrade bolo pozorovaných dovedna 105 druhov vtákov, potravne a stanovištne viazaných na vodné prostredie, z ktorých druhovo a kvantitatívne sú najpočetnejšie husotvaré, kulíkotvaré a čajkotvaré. Počas migrácie sa najpočetnejšie vyskytujú chochlačky sivé, chochlačky vrkočaté, lysky čierne, hlaholky, kačice chrapačky, potápky chochlaté, volavky popolavé, husi divé a husi siatinné, kalužiaky. Zo vzácnych druhov boli na priehrade zistené potáplice, beluše, žeriavy popolavé, orliaky morské, kršiaky rybáre, kulíky, sláviky modráky, ľadovky dlhochvosté.
Hniezdiče a pravdepodobné hniezdiče Oravskej priehrady reprezentuje z vodných vtákov 35 %. K najpočetnejším hniezdičom patrí kačica divá, čajka smejivá, čajka bielohlavá a rybár riečny. Tieto vtáky hniezdia na vtáčom ostrove od roku 1994. Okrem nich na ostrove pravidelne hniezdi kalužiak červenonohý, kulíky riečne, kaližiačiky malé a v posledných rokoch aj kačice chripľavé. Vzácne hniezdi na ostrove aj čajka sivíá. Na brehoch priehrady hniezdia početne strnádky trstinové, trsteniariky obyčajné, trasochvosty biele, močiarnice mekotavé a v kolmých hlinitých brehoch sú početné brehule. V posledných rokoch hniezdi na Oravskej priehrade v lokalite Prístvav aj stabilná kolónia volaviek popolavých. Vzácnejšie hniezdi na priehrade trasochvost lúčny. V ostatných rokoch sa aj na Oravskej priehrade šíri kúdelnička lužná a vlha.. Medzi vzácne a zaujímavé patrí hniezdný výskyt kalužiaka perlavého, ktorého hniezdenie na Slovensku nie je doteraz známe. V 60-tich rokoch neúspešne zahniezdil na brehu Oravskej priehrady orliak morský V okolí Oravskej priehrady hojne hniezdi bocian čierny.
Ďalšou významnou skupinou ornitocenóz hornej Oravy sú vtáky polí a lúk. Už od skorej jari sú na týchto miestach početné škovránky poľné. Medzi prvých poslov jari patria aj cíbiky chochlaté, ktoré hniezdia na zemi na lúkach ale aj napoliach a v oziminách. Typickými druhmi tejto skupiny sú prepelice, ktoré sú na rozdiel od jarabíc sťahovavé. Jarabice poľné sú dnes už pomerne vzácne. Medzi vzácne vtáky lúk patrí aj chrapkáč poľný. V jesenných mesiacoch po zbere úrody sa na poliach hornej Oravy objavujú početné kŕdle vrán a havranov poľných. V posledných rokoch možno pozorovať na hornooravských lúkach a poliach aj strnádky lúčne. Na vlhkejších lúkach hniezdi pŕhľaviar červenkastý a pŕhľaviar čiernohlavý. Polia a lúky sú loviskom pre viaceré dravce. Z nich možno nad poliami vidieť myšiaky lesné, sokoly myšiare ale aj orly krikľavé. Vzácnejšie sa tu objavuje aj orol skalný. Ako zimný hosť sa na poliach objavuje myšiak severský.
Špecifické podmienky poskytuje vtákom les. Lesné ornitocenózy patria medzi najstaršie živočíšne spoločenstvá hornej Oravy, ktoré tu existovali ešte pred príchodom človeka. Typickými lesnými operenými dravcami sú myšiaky, jastrab veľký a jastrab krahulec. Pomerne početným hniezdičom je aj orol krikľavý. Na hornej Orave hniezdi aj jeden pár orla skalného. Pozornosti často unika včelár lesný, najmä pre jeho podobnosť s bežným myšiakom hôrnym. Zo sov je rozšírená sova obyčajná , vzácnejšia je jej väčšia príbuzná sova dlhochvostá. K menej známym a vzácnym patrí pôtik kapcavý a najmenšia u nás žijúca sova, kuvičok vrabčí. Početné sú krkavce. Pri charakteristike lesných spoločenstiev vtákov nemožno zabudnúť na ďatle. Silným klepaním o kmene stromov a špecifickým teritoriálnym volaním je známy tesár čierny a ďateľ veľký. Zo vzácnejších ďatlov bol sa v ihličnatých lesoch vyskytuje ďateľ trojprstý. Menej rozšírený je ďateľ malý, žlna sivá a žlna zelená.
Nezastupiteľné miesto v lesných spoločenstvách majú spevavce. Medzi hojné patria pinky, sýkorka veľká, sýkorka hôrna, sýkorka chochlatá, sýkorka čiernohlavá a čížiky. K najmenším vtákom lesov patrí oriešok, králik zlatohlavý a králik ohnivohlavý. Z ďalších druhov sa hojne vyskytuje červienka, krivinos, sojka obyčajná, ľabtuška lesná, kolibkárik čipčavý a kolibkárik spevavý, kôrovník. Osobitný záujem ornitológov a poľvníkov je venovaný lesným kurám. Tieto vtáky patria dnes už k vzácnym a ohrozeným druhom. U tetrova hlucháňa pozorujeme v posledných rokoch pokles početnosti. Horšia situácia je s holniakom, ktorý je na hornej Orave na hranici vyhynutia. Relatívne dobré stavy sú jariabka hôrneho.
Početné sú vtáčie spoločenstvá krovín, poľných lesíkov a okrajov hôr. Medzi typických zástupcov tejto skupiny vtákov chotára patrí penica hnedokrídla, penica popolavá , penica čiernohlavá, straka obyčajná, strakoš obyčajný, červenák karmínový, hrdlička poľná , holub hrivnák, stehlík obyčajný a konôpka.
V najvyšších polochách hornej Oravy na Pilsku a Babej hore je pozoruhodný výskyt a hniezdenie ľabtušiek vrchovských a čečetiek. Na Babej hore je zaujímavé pravdepodobné hniezdenie vrchárky červenkavej.
Osobitná pozornosť ornitológov bola venovaná vtáctvu rašelinísk. Zo zaujímavých druhov hniezdia na hornooravských rašeliniskách močiarnice mekotavé, ľabtušky lúčne a pŕhľaviare červenkasté.
Osobitnú skupinu tvoria vtáky, prispôsobené životu v blízkosti človeka. Nazývame ich synantropné. Tieto druhy nachádzajú v obciach, v hospodárskych dvoroch a budovách dostatok potravy i vhodné podmienky na hniezdenie. V blízkosti človeka sú relatívne lepšie chránené pred predátormi. Medzi najznámejšie vtáky nesporne patria vrabce domové, zelienky, drozdy čierne, žltochvosty domové, lastovičky, belorítky i trasochvosty biele. V posledných rokoch, najmä v súvislosti s plynofikáciou obcí hornej Oravy vzrástla a stabilizovala sa populácia kaviek, ktoré využívajú na hniezdenie nefunkčné komíny budov. Atraktívne v obciach sú bociany biele.
Pomerne dobre poznané sú cicavce hornej Oravy. Osobitne boli sledované drobné zemné cicavce rašelinísk. Na rašeliniskách bolo zistených 13 druhov. K najpočetnejším druhom patrí piskor obyčajný, hraboš mokradný, hrdziak lesný a piskor malý K vzácnym patrili myšky drobné, dulovnice väčšie a piskory horské. Dulovnice sa živia vodným hmyzom a drobnými rybkami. Majú na zadných končatinách rady tuhých chlpov, ktoré im umožňujú dobre plávať. V lesoch sú hojné ryšavky lesné a ryšavky žltohrdlé. Až do pásma kosodreviny vystupuje pĺšik lieskový. Donedávna bola za vzácnu považovaná myšovka vrchovská, najmä pre problematické zisťovanie jej prítomnosti. V posledných rokoch sa početne potvrdil výskyt tohto sympatického druhu na Babej hore, Pilsku ale aj na Mútňanskom rašelinisku. Na Babej hore je pozoruhodný výskyt hrabáča tatranského. Z väčších hlodavcov je rozšírený hryzec vodný a na brehoch Oravskej priehrady a pozdĺž dolných úsekov väčších riek ondatra pižmová. V ostatných rokoch sa na Oravskej priehrade udomácnil aj staronový obyvateľ hornej Oravy, bobor vodný. Vo vodách hornej Oravy je relatívne hojná vydra riečna.
Hojná je poľovná raticová zver, jeleň, srnec, menej diviak. Výrazne vzrástla početnosť kuny skalnej na úkor jej príbuznej kuny lesnej. V posledných rokoch sa najmä v Oravskej kotline objavuje psík medviedikovitý, ktorý sa stáva aj čoraz častejším úlovkom oravských poľovníkov. Z veľkých šeliem je dne už vzácny rys ostrovid. Známe sú teritória rysov na Babej hore, Pilsku i na Paráči. Medvede sú sústredené najmä v západnej časti územia v oblasti Paráča a kubínskej hole. Pomerne vzácne sa sporadicky objavujú mladšie medvede v oblasti Babej hory. Z času na čas však možno sledovať stopy medveďov aj pri Oravskej priehrade. Vlci sú rozšírený na celom území. Najmä v jesenných mesiacoch, kedy samice učia mláďatá loviť spôsobujú častejšie škody na hospodárskych zvieratách, najmä na ovciach. K najzaujímavejším cicavcom hornej Oravy nesporne patrí los mokraďový, ktorý bol v 17 storočí u nás vyhubený. Začiatkom 90-tich rokoch 20.storočia sa losy začali rozširovať zo severného poľska a dostali sa aj na Oravu. Tu v okolí Oravskej priehrady, Mútneho, babej hory a Suchej Hory boli pozorované nielen losice a dospelé losy, ale zistila sa aj prítomnosť mláďat pravdepodobne narodených na našom území. Napriek tomu, že spočiatku optimistický vývoj losej populácie na hornej Orave stagnoval, možno sporadicky zastihnúť tieto praveké tvory na hornej Orave aj dnes.