Rastlinstvo každého územia je dôležitou súčasťou prírodného prostredia. Druhová pestrosť flóry je podmienená rozmanitosťou geologického podkladu, reliéfu, klímy, pôd, vodstvom, ale aj zložitou históriou vývoja rastlinného krytu.

Podľa fytogeografického členenia Slovenska patrí územie CHKO Horná Orava do oblasti západokarpatskej kveteny (Carpaticum occidentale), obvodu západobeskydskej flóry (Beschidicum occidentale), okresu Západné Beskydy.

Takmer polovicu územia CHKO zaberajú lesy. Značnú časť územia pokrývajú najmä lesy bukovo-jedľového a smrekového vegetačného stupňa s výrazne zastúpenými smrekovými monokultúrami. Výnimku tvoria pralesovité lesné komplexy Babej hory (klimaxové spoločenstvo smrečín a kosodreviny s prechodom do alpínskeho stupňa), Pilska (zachovalé lesné spoločenstvá prírodného lesa v smrekovom a kosodrevinovom vegetačnom stupni) a Paráča (zvyšky pôvodných smrečín).

Mezotrofné lesné spoločenstvá v submontánnom a montánnom stupni (pôvodne hojne rozšírené, dnes nahradené sekundárnymi smrečinami, lúkami a pasienkami) sú reprezentované kvetnatými bučinami, jedlinami a kyslými horskými bučinami. V bukových a jedľovo-bukových lesoch zv. Eu-Fagion v stromovom poschodí prevláda buk lesný (Fagus sylvatica) alebo jedľa biela (Abies alba). Krovinné poschodie nebýva výraznejšie vyvinuté. V bylinnom podraste možno nájsť väčšinu druhov pravých bučín ako napr. zubačka cibuľkonosná (Dentaria bulbifera), mliečnik mandľolistý (Tithymalus amygdaloides), zubačka žliazkatá (Dentaria glandulosa), ktorými sú pozitívne diferencované od jedlín, ďalej srnovník purpurový (Prenanthes purpurea), lipkavec marinkový (Galium odoratum), kopytník európsky (Asarum europaeum), bažanka trváca (Mercurialis perennis), lykovec jedovatý (Daphne mezereum), veternica hájna (Anemone nemorosa).

Pôvodné jedliny predstavujú spoločenstvá stojace na prechode medzi zv. Vaccinio-Abietion a zv. Eu-Fagion. Stromové poschodie je tvorené jedľou (Abies alba) s rôznou prímesou smreka (Picea abies), z listnatých drevín býva zastúpená jarabina vtáčia (Sorbus aucuparia), z krovín baza červená (Sambucus racemosa). Buk úplne chýba, alebo sa vyskytuje len v krovinnom poschodí. Z bylinných druhov indikujú jedliny a súčasne diferencujú od bučín žerušnica trojlistá (Cardamine trifolia), lipkavec okrúhlolistý (Galium rotundifolium) a chlpaňa žltkastá (Luzula luzulina), hojne tu tiež rastie tôňovka dvojlistá (Maianthemum bifolium), kyslička obyčajná (Oxalis acetosella), horec luskáčovitý (Gentiana asclepiadea).

V kyslých horských bučinách zv. Luzulo-Fagion je stromové poschodie tvorené smrekom, jedľou a zriedkavo bukom. V bylinnom podraste sú s vysokou konštantnosťou prítomné druhy horských smrečín ako podbelica alpínska (Homogyne alpina), papradka alpínska (Athyrium distentifolium), okrem toho sa tu ešte stále udržujú druhy bučín.

Prevažnú časť územia zaberajú smrekové lesy. Smrečiny, prípadne jedľové smrečiny patria do zv. Vaccinio-Piceion. V nadmorskej výške od 800 do 1200 m sa vyskytujú jedľové smrečiny, v nadmorskej výške nad 1200 m pravé horské smrečiny. V bylinnom podraste prevládajú brusnica čučoriedková (Vaccinium myrtillus), podbelica alpínska (Homogyne alpina), papraď rozložená (Dryopteris dilatata) a metlica krivolaká (Avenella flexuosa). V spoločenstvách jedľových smrečín, ktoré osídľujú nižší montánny stupeň a inverzné polohy sa výrazne uplatňujú rebrovka rôznolistá (Blechnum spicant) a plavúň pučivý (Lycopodium annotinum). V prízemnej vrstve prevládajú machy ako ploník (Polytrichum gracile), lesklec vlnkatý (Plagiothecium undulatum), kostrbatec (Rhytidiadelphus loreus) a iné.

Na niektorých miestach v území, najmä na mierne podmáčaných ťažších pôdach sa vyskytujú azonálne smrečiny, ktoré zaraďujeme do as. Bazzanio-Piceetum. Tieto nadväzujú na rašeliniská, alebo ojedinele na jedliny. V stromovom poschodí sa vyznačujú absenciou akýchkoľvek drevín okrem smreka. V bylinnom podraste sa vyskytujú smlz chĺpkatý (Calamagrostis villosa), praslička lesná (Equisetum sylvaticum), z machorastov korbáčovec trojlaločný (Bazzania trilobata), rašelinník Girgensohnov (Sphagnum girgensohnii). Časté sú aj horec luskáčovitý (Gentiana asclepiadea), kamzičník rakúsky (Doronicum austriacum), mačucha cesnačkovitá (Adenostyles alliariae) a iné.

Na horské klimaxové smrečiny podzv. Eu-Vaccinio-Piceion plynule nadväzujú porasty kosodreviny. Patria do zv. Pinion mughi a as. Vaccinio myrtilli-Pinetum mughi. Uzavreté porasty kosodreviny sú len v najvyšších polohách územia. Prechod medzi smrečinami a kosodrevinou je na mnohých miestach tvorený čistými porastami borievky sibírskej (Juniperus sibirica). V podraste kosodreviny sa nachádzajú brusnica čučoriedková (Vaccinium myrtillus), brusnica pravá (Vaccinium vitis-idaea), podbelica alpínska (Homogyne alpina), starček subalpínsky (Senecio subalpinus) a iné.

V stupni kosodreviny sa hojne vyskytujú aj spoločenstvá subalpínskych lúk so psicou tuhou (Nardus stricta). Medzi najvýznamnejšie druhy tohto pásma patria plavúnik alpínsky (Diphasiastrum alpinum), horec bodkovaný (Gentiana punctata), jastrabník alpínsky (Hieracium alpinum), rozchodnica ružová (Rhodiola rosea) a prilbica tuhá moravská (Aconitum firmum subsp. moravicum).

Fytocenózy as. Empetro-Vaccinietum sa vyskytujú pod vrcholmi Babej hory a Malej Babej hory. Charakteristické zastúpenie tu majú najmä šucha obojpohlavná (Empetrum hermafroditum) a brusnica pravá (Vaccinium vitis-idaea).

Vo vrcholovej časti Babej hory sa vyskytujú fragmenty as. Versicoloretum babiogorense s charakteristickými druhmi ako kostrava pestrá (Festuca versicolor), zerva hlavičkatá (Phyteuma orbiculare), lomikameň vždyživý (Saxifraga paniculata), iskerník veľhorský (Ranunculus breyninus).

Na miestach snehových výležísk sa vyskytujú spoločenstvá zv. Salicion herbaceae s vŕbou bylinnou (Salix herbacea). Endemitom Babej hory je rožec alpínsky babohorský (Cerastium alpinum subsp. babiogorense). Zo vzácnejších druhov flóry sa tu ešte vyskytujú soldanelka karpatská (Soldanella carpatica), vrchovka alpínska (Tozzia carpatica), poniklec biely (Pulsatilla scherfelii), veternica narcisokvetá (Anemone narcissiflora), prilbica tuhá moravská (Aconitum firmum subsp. moravicum).

V lesoch (najmä v nižších polohách) vznikajú rúbaniská, čím sa vytvárajú podmienky pre rozvoj nových, svetlomilných spoločenstiev, ktoré možno zatriediť do zv. Fragarion vescae a Epilobion angustifolii. Z jednotlivých druhov sa tu uplatňuje kyprina úzkolistá (Chamerion angustifolium), ostružina malinová (Rubus idaeus), chlpaňa hájna (Luzula luzuloides), jahoda obyčajná (Fragaria vesca), starček vajcovitolistý (Senecio ovatus), ostrica guľkoplodá (Carex pilulifera).

V horských dolinách pozdĺž vodných tokov, menej okolo pramenísk, sa zachovali horské jelšové lesy podzv. Alnion glutinoso-incanae, ktoré boli zaradené do asociácie Alnetum incanae carpaticum. Spoločenstvá horských jelšín sú jediným zástupcom skupiny aluviálnych azonálnych lesných porastov v území. Od ostatných kontaktných spoločenstiev sú veľmi dobre ohraničené. Stromové poschodie je tvorené jelšou sivou (Alnus incana), vŕbou krehkou (Salix fragilis) a čremchou obyčajnou (Padus avium). Krovinné poschodie tvoria rôzne druhy vŕb, krušina jelšová (Frangula alnus), kalina obyčajná (Viburnum opulus), vŕba päťtyčinková (Salix pentandra), vŕba sliezska (Salix silesiaca). Zloženie bylinného podrastu je veľmi premenlivé a závisí do značnej miery od vplyvu kontaktných spoločenstiev (pasienky, lúky, rašeliniská, ap.). Najčastejšie sú zastúpené krkoška chlpatá (Chaerophyllum hirsutum), krkoška voňavá (Chaerophyllum aromaticum), kozonoha hostcová (Aeg

opodium podagraria), angelika lesná (Angelica sylvestris), kostihoj hľuznatý (Symphytum tuberosum), deväťsil biely (Petasites albus), deväťsil lekársky (Petasites hybridus), záružlie močiarne (Caltha palustris).

V nižších polohách, po odstránení stromových jelší a vŕb, lemujú brehy potokov úzke pásy s vŕbou purpurovou (Salix purpurea) a vŕbou trojtyčinkovou (Salix triandra), iniciálne štádiá spoločenstiev s myrikovkou nemeckou (Myricaria germanica), prípadne (aj vo vyšších polohách) fragmenty spoločenstiev zv. Filipendulo – Cirsion oleracei podľa prevládajúcich druhov túžobníka brestového (Filipendula ulmaria) a pichliača zelinového (Cirsium oleraceum) a zv. Calthion.

V stojatých vodách pomerne často nachádzame pálku úzkolistú (Typha angustifolia).

V subalpínskom stupni, ako aj v nižších polohách, sa nachádzajú mnohé prameniská a horské nivy, ktoré majú osobitú vegetáciu. Predstavujú ju rôzne spoločenstvá horských pramenísk kyslých podkladov zv. Cardamino-Montion s dominantným druhom žerušnica horká (Cardamine amara). Na vlhkých miestach nad prameniskami, v nižších, ale aj vo vyšších polohách, sú často prítomné porasty, v ktorých prevláda metlica trstnatá (Deschampsia caespitosa).

Okolie ciest, polí a ľudských obydlí sprevádzajú rôzne synantropné spoločenstvá. Rozšírené sú najmä as. Tanaceto-Artemisietum vulgaris zo zv. Arction, as. Plantagini-Polygonetum avicularis, as. Plantagini-Lolietum perennis zo zv. Polygonion avicularis a as. Potentilletum anserinae a as. Prunello-Plantaginetum zo zv. Agropyro-Rumicion crispi. Z druhov sú to najmä nátržník husí (Potentilla anserina), skorocel väčší (Plantago major), lopúch plstnatý (Arctium tomentosum), vratič obyčajný (Tanacetum vulgare), palina obyčajná (Artemisia vulgaris), štiavec kučeravý (Rumex crispus), stavikrv vtáčí (Polygonum aviculare) a pod.

V ostatných rokoch intenzívnejšie prenikli do prostredia hlavne pozdĺž poľných a lesných ciest, brehov vodných tokov tzv. invázne druhy, z ktorých sa šíri najmä zlatobyľ kanadská (Solidago canadensis), zlatobyľ obrovská (Solidago gigantea), boľševník obrovský (Heracleum mantegazzianum), netýkavka žliazkatá (Impatiens glandulifera).

Druhotné ruderálne spoločenstvá sprevádzajú človeka až do subalpínskeho stupňa, najmä na miestach bývalých salašov a v ich okolí. Na týchto prehnojených miestach sa vyskytujú vysokobylinné spoločenstvá samostatného zv. Rumicion alpini, as. Rumicetum alpini. Charakteristická je tu dominancia štiavca alpského (Rumex alpinus), ku ktorému sa pridružujú pŕhľava dvojdomá (Urtica dioica), hviezdica hájna (Stellaria nemorum), pšeno rozložité (Milium effusum), timotejka švajčiarska (Phleum rhaeticum).

K značne rozšíreným typom nelesných spoločenstiev na Orave patria lúky a pasienky. Sú to prevažne sekundárne fytocenózy, ktoré vznikli na miestach, kde v muinulosti bol les alebo iná pôvodná vegetácia. Táto skutočnosť sa potom odráža aj na ich floristickom zložení. Sú to bylinné porasty s prevahou tráv. V území nadväzujú na obhospodarované plochy políčok blízko intravilánov obcí, ale rôznou veľkosťou svojej plochy vystupujú až do najvyšších polôh. Napriek rozdielnosti stanovíšť nachádzame tu pravidelne druhy ako napr. reznačka laločnatá (Dactylis glomerata), timotejka lúčna (Phleum pratense), psinček tenučký (Agrostis capillaris), kostrava lúčna (Festuca pratensis), kostrava červená (Festuca rubra), lipnica lúčna (Poa pratensis), tomka voňavá (Anthoxanthum odoratum), hrebienka obyčajná (Cynosurus cristatus), trojštet žltkastý (Trisetum flavescens), ovsík obyčajný (Arrhenatherum elatius), psica tuhá (Nardus stricta), mätonoh trváci (Lolium perenne),  iskerník prudký (Ranunculus acris), štiavička obyčajná (Acetosella vulgaris), rebríček obyčajný (Achillea millefolium), alchemilka žltozelená (Alchemilla xanthochlora), ľadenec rožkatý (Lotus corniculatus), prvosienka vyššia (Primula elatior), skorocel kopijovitý (Plantago lanceolata),  púpava lekárska (Taraxacum officinale), ďatelina plazivá (Trifolium repens), ďatelina lúčna (Trifolium pratense), sedmokráska obyčajná (Bellis perennis), margaréta biela (Leucanthemum vulgare), kukučka lúčna (Lychnis flos-cuculi), zvonček konáristý (Campanula patula), nevädzovec frygický (Jacea phrygia), jesienka obyčajná (Colchicum autumnale) a mnoho ďalších. Zo vzácnejších druhov je to v jarnom období kvitnúci šafran karpatský (Crocus heuffelianus), neskôr hlavne na kosných prirodzených a poloprirodzených lúkach kvitne viacero druhov vstavačovitých rastlín ako vstavačovec bazový (Dactylorhiza sambucina), päťprstnica obyčajná (Gymnadenia conopsea), vemenník dvojlistý (Platanthera bifolia), vstavač mužský (Orchis mascula).

V alúviách vodných tokov sú rozšírené vlhkejšie typy lúk, v ktorých svojou farbou a počtom upúta pichliač potočný (Cirsium rivulare). Bezprostredne na  ne nadväzujú mezofilné lúky na okolitých svahoch s pestrým floristickým zložením, kde často práve na hornej Orave je hojne rozšírený mečík škridlicovitý (Gladiolus imbricatus).

Lúčne spoločenstvá hornej Oravy môžeme zaradiť do zv. Cynosurion, kde patria krátkosteblovité, intenzívnejšie spásané a zošľapované porasty na vlhkejších stanovištiach, alebo druhovo pestrejšie porasty využívané aj ako jednokosné lúky a extenzívne pasienky. Väčšinu hospodárskych lúk podhorskej a horskej oblasti radíme k tzv. ovsíkovým lúkam (zv. Arrhenatherion), čo sú jedno- až dvojkosné lúky s prevahou vysokosteblovitých tráv a bylín. Najrozšírenejším biotopom trávnych porastov sú podhorské kosné lúky a podhorské a horské mezofilné pasienky.

Charakteristickými a najcennejšími prvkami prírodného prostredia hornej Oravy sú rašeliniská. Svedčí o tom bohatá sieť rozptýlených rašeliniskových biotopov Podbeskydskej brázdy a Oravských Beskýd a predovšetkým rozsiahle rašeliniská Oravskej kotliny. Aj keď sa rašeliniská rozptýlene vyskytujú na viacerých miestach Slovenska, v typickej forme a plošne najrozsiahlejšie sa vyvinuli a zachovali na Orave, kde  zaberajú plochu okolo 800 ha.

Vznikajú na stanovištiach trvalo zamokrených zrážkovou, povrchovou alebo podzemnou vodou. Tieto stanovištia zarastajú vegetáciou hydrofilných a hygrofilných druhov. V podmienkach obmedzeného prístupu kyslíka sa tu hromadia odumreté organické zvyšky v rôznom stupni rozkladu, čím vzniká rašelina.

Najrozšírenejšími typmi sú vrchoviská a prechodné rašeliniská. Formovali sa v terénnych depresiách s nepriepustným podložím, kde sa trvale zhromažďovalo väčšie množstvo zrážkovej vody. Slatiny sa vyskytujú na menších plochách buď na okraji rašelinísk, alebo pod úpätím odlesnených svahov pohorí, kde predstavujú počiatočné vývojové štádiá rašelinísk prechodného typu.

Rastlinné spoločenstvá rašelinísk predstavujú špecifickú skupinu, ktorá je významným refúgiom mnohých arktických a boreálnych druhov. Prevažne sú to druhy prispôsobené podmienkam chladných a zamokrených stanovíšť, často s minerálne veľmi chudobným a kyslým substrátom. O prispôsobovaní sa prostrediu svedčí aj fyziognómia viacerých druhov, ako sú napr. drobné vždyzelené kríčky s kožovitými úzkymi listami a byliny s úzkymi, dlhými a tuhými listami.

Vo vegetácii slatín prevládajú porasty ostríc a sitín. Súvislé koberce vytvárajú rôzne druhy machov. Z vyšších rastlín k typickým druhom slatín a slatinných lúk patrí najmä ostrica Davalova (Carex davalliana), ostrica metlinatá (Carex paniculata), ostrica dvojdomá (Carex dioica), ostrica sivastá (Carex canescens), ostrica sklonená (Carex demissa), ostrica šupinatoplodá (Carex lepidocarpa), sitina článkovaná (Juncus articulatus), sitina niťolistá (Juncus filiformis), páperník širokolistý (Eriophorum latifolium), páperník úzkolistý (Eriophorum angustifolium), fialka močiarna (Viola palustris), všivec močiarny (Pedicularis palustris), tučnica obyčajná (Pinguicula vulgaris), vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata), bahnička málokvetá (Eleocharis quinqueflora), barička močiarna (Triglochin palustre), bielokvet močiarny (Parnassia palustris), prasličkovka pestrá (Hipochaete variegata), všivec močiarny (Pedicularis palustris), škripinka stlačená (Blysmus compressus), bezkolenec belasý (Molinia caerulea), valeriána celolistá (Valeriana simplicifolia), atď.

Na vrchoviskách a prechodných rašeliniskách sú základnou a prevládajúcou zložkou rašelinníky (Sphagnum sp.), uplatňujú sa tu aj viaceré druhy machov, pečeňoviek, prípadne lišajníkov. Zo vzácnejších druhov vyšších rastlín sa tu vyskytujú andromédka sivolistá (Andromeda polifolia), rojovník močiarny (Ledum palustre), brusnica barinná (Vaccinium uliginosum), šucha čierna (Empetrum nigrum), kľukva močiarna (Oxycoccus palustris), páperník pošvatý (Eriophorum vaginatum), rosička okrúhlolistá (Drosera rotundifolia), zriedkavejšia rosička anglická (Drosera anglica), diablik močiarny (Calla palustris), nátržnica močiarna (Comarum palustre), ostroplod biely (Rhynchospora alba) a iné.

Na floristický význam a jedinečnosť oravských rašelinísk poukazuje výskyt ďalších vzácnych rašeliniskových druhov zistených alebo potvrdených v ostatných rokoch. Patrí k nim jediný doložený výskyt vŕby čučoriedkovitej (Salix myrtilloides) na Slovensku v lokalite Mútňanská píla. Podobný druh – vŕba rozmarínolistá (Salix rosmarinifolia) sa nachádza na Beňadovskom rašelinisku, ako aj potvrdenie výskytu machov Helodium blandowii a Paludella squarrosa na rašelinisku pri Trstenej.

Ďalej spomenieme výskyt plavúnca zaplavovaného (Lycopodiella inundata) na rašelinisku Rabčické bory, na rašelinisku v brehovej časti Oravskej priehrady, ako aj na lokalite Surdíky sa zasa vyskytuje bazanovec kytkový (Naumburgia thyrsiflora). Na slatine v okolí Puchmajerovej jazierka v oblasti Minčola bol zaznamenaný výskyt dvoch vzácnych glaciálnych reliktov machorastov Scorpidium scorpioides a Meesia triquetra. Táto lokalita je v súčasnosti známa aj ojedinelým doteraz známym výskytom ostrice výbežkatej (Carex chordorrhiza) a ostrice barinnej (Carex limosa), podobne ako Beňadovské rašelinisko.

Význam rašeliniskových lokalít spočíva tiež v hojnom výskyte vstavačovitých rastlín, ako sú napr. vstavačovec májový (Dactylorhiza majalis), vstavačovec škvrnitý (Dactylorhiza maculata), vstavačovec Fuchsov (Dactylorhiza fuchsii), vstavačovec laponský (Dactylorhiza lapponica), vstavačovec vresoviskový (Dactylorhiza ericetorum), päťprstnica hustokvetá (Gymnadenia densiflora), kruštík močiarny (Epipactis palustris), bradáčik vajcovitolistý (Listera ovata).

Najčastejšími drevinami na rašeliniskách sú smrek obyčajný (Picea abies), borovica lesná (Pinus sylvestris), k srievodným druhom patria niektoré druhy vŕb (Salix sp.), jelša (Alnus sp.), breza (Betula sp.). Na suchších miestach a okrajoch rašelinísk sú typické bohaté porasty vresu obyčajného (Calluna vulgaris).

Flóra hornooravských rašelinísk patrí najmä k spoločenstvám zväzov Caricion lasiocarpae, Caricion fuscae, Caricion davallianae, Caricion demissae, Sphagnion medii, Sphagno recurvi-Caricion canescentis, Sphagno warnstorfiani-Tomenthypnion, Sphagno-Utricularion, Pino-Ledion, Rhynchosporion albae.

Stála prítomnosť prameniskovej vody a vysoká hladina podzemnej vody, jej chemické zloženie, zrážky a ostatné klimatické faktory sa pričinili o vznik charakteristickej vegetácie aj tzv. rašeliniskových lúk. Tieto sú prevažne tvorené spoločenstvami tr. Scheuchzerio-Caricetea fuscae, radu Caricetalia fuscae.